1. 选留原则
三元母猪选留仍然遵循母猪选留的基本原则，即：
第一：选种就是选健康（主要包括肢体健康、肠道健康、无呼吸道病史）；
第二：选种就是选繁殖性能（三元母猪繁殖性能主要通过外观形状来体现）。
2. 选留数量
1、闭环生产状态下分阶段选留一定数量：可分为哺乳期选种、保育期选种、育成期选种，按母猪年更新率30%，哺乳期成活率80%，保育期成活率90%，育成期成活率95%，年平均生产胎次2胎计算，原200头存栏母猪场（非瘟背景下存栏为满负荷生产状态下的80%），则：
育成期需要选留：200*0.8*0.3/0.95/2≈26头
保育期需要选留：26/0.9≈29头
哺乳期需要选留：29/0.8≈36头
2、清空状态下复产引进种猪数量参考育成期选留数量，且建议引进体重以100kg为宜。
3. 选留标准
对1-3日龄产房仔猪进行初选，并做好耳缺标记，具体如下：
初生重：1kg以上；
乳头数：有效乳头数5对以上，且间距均匀；
同窝无遗传缺陷：如脐疝、兔耳朵和八字脚等；
活力要求：强，吃奶能力强；
繁殖性能：窝产总仔在8头以上，外阴正常。
初选仔猪断奶后分开单独饲养，60-70日龄仔猪，进行二选，具体如下：
背部平直，外观符合品种特征；
肢蹄结实，无运动障碍；
健康活泼，无明显疾病；
乳头数：有效乳头数5对以上，且间距均匀；
生长发育正常、生殖器官发育良好。
体重50-60kg进行三选，具体如下：
体型：尽量高、长、肩宽，腹部良好有曲线，臀部宽平；
乳头数：有效乳头5对以上且均匀；
肢蹄：肢蹄健壮，无明显肢蹄疾患；
外阴：大小及形状正常，不上翘；
肤色：被毛关泽、皮肤色泽正常无花斑；
健康：状况良好，无呼吸道疾病史。
4. 非瘟检测
非瘟背景下建议配种前21天即在第一次发情或第二次发情时进行采样进行敏感病原检测，要求：
第一：抗原检测必须为阴性，表明未感染或曾经感染但已清除体内病毒；
第二：抗体检测阴性或阳性，表明未感染或已康复；
第三：耐受过程中无明显特征性症状，如持续发热、跛行、耳朵及周身发绀、严重呼吸困难等，反应其内部组织器官无严重病变，对后期生长及繁殖性能无限制性影响。
