新华社报道，2019年12月30日，吉林省松原市中级人民法院公开开庭审理中国工程院院士、中国农业大学教授李宁及张磊贪污一案。这是距离2015年8月20日李宁院士案一审第一次开庭，时隔4年4个多月后再次开庭。本次庭审，李宁与4年多前一样，坚持认为自己无罪。庭审从2019年12月30日早上8点30分开始，持续到当晚12点左右方始结束。庭审中，58岁的李宁院士，因情绪激动，身体不佳，曾两次出现眼睛短暂失明的情况。庭审被迫中断，现场医务人员经紧急救治，方才恢复视力。
李宁在最后陈述中说，我的案件并不复杂，以下几点是客观事实：我从海外留学归国后，从未亲自管理过科研经费；我们自己没有贪污和私用过一分钱科研经费；我们的科研经费是在全面超额完成了国家科技重大专项的任务前提下的结余，是高效使用科研经费的结果；我们成果的知识产权属于中国农业大学；我们还将我们的集体劳动所得用于了国家科技重大专项中。我先后六次获得过国家科技大奖，为国家创造的直接和间接经济效益至少也超过数百亿元，为什么连最起码的公正对待也得不到呢？我渴望自由，但我更渴望国家科技创新事业的发展和国家司法的文明进步！我希望法庭能尽快的还我清白，使我能够在新时代为加快建设创新型国家和世界科技强国贡献自己全部的智慧和力量！
检方庭审中出示了涉案的财务凭证、票据和证人证言。李宁坚持要与证人当庭对质，但所有证人均未出庭。李宁认为侦查人员在提审他时，多次威胁他必须认罪，否则就抓他的家人。这些证人应该也是受到了侦查人员威胁，否则为什么不敢当庭对峙。庭审结束后，法庭宣布休庭，择期宣判。
1962年生于江西南昌的李宁，为中国动物生物学方面的著名科学家。2007年，时年45岁的他，即当选为中国工程院院士，为当时中国最年轻的工程院院士。2014年6月20日，李宁院士在与他的学生们拍完毕业集体照后，即被吉林省松原市长岭县检察院以配合调查之由带走。后来，检方宣布对李宁予以逮捕，缘由是涉嫌贪污科研经费。松原市检察院指控李宁及其博士生、副研究员张磊，“利用其管理课题经费的职务便利，自2008年7月至2012年2月，采取侵吞、骗取、虚开发票、虚列劳务支出等手段，贪污课题科研经费共计人民币3756万余元”
2014年12月9日，中国工程院停止李宁的院士资格。李宁也成为首个被停止资格的工程院院士。
2015年8月20日李宁院士案一审第一次开庭，4年多来该案再无进展，法院未有宣判，也没有批准对李宁的取保候审。2018年末2019年年初，沈国舫、任继周等15位中国工程院及中国科学院院士联名致信最高人民法院院长周强，希望尽早审结李宁院士案。
李宁院士案再度开庭
据新华社报道，2019年12月30日，吉林省松原市中级人民法院公开开庭审理中国工程院院士、中国农业大学教授李宁及张磊贪污一案。
早在2015年4月，松原市检察院就李宁案，向松原市中院提起公诉。同年8月20日、21日，此案一审，在吉林省松原市中院连续开庭了两天。
随后4年多来，该案再无任何进展。法院未有宣判，也没有批准对李宁的取保候审。2018年末2019年年初，沈国舫、任继周等15位中国工程院及中国科学院院士联名致信最高人民法院院长周强，希望尽早审结李宁院士案。
此次李宁案再度开庭审理，距离2015年8月20日一审第一次开庭，已经时隔4年4个月又10天。
2020年1月1日，经济观察网记者从参加庭审的李宁的妻子吴晓青等人处获悉，庭审从2019年12月30日早上8点30分开始，持续到当晚12点左右方始结束。庭审中，58岁的李宁院士，因情绪激动，身体不佳，曾两次出现眼睛短暂失明的情况。庭审被迫中断，现场医务人员经紧急救治，方才恢复视力。
2019年12月30日，松原中院在其新浪官方微博上，也对这次庭审，做了摘要播报。
松原市检察院指控李宁及其博士生、副研究员张磊，“利用其管理课题经费的职务便利，自2008年7月至2012年2月，采取侵吞、骗取、虚开发票、虚列劳务支出等手段，贪污课题科研经费共计人民币3756万余元”。
检方庭审中出示了财务凭证、票据和证人证言。李宁坚持要与证人当庭对质，但所有证人均未出庭。李宁认为侦查人员在提审他时，多次威胁他必须认罪，否则就抓他的家人。这些证人应该也是受到了侦查人员威胁，否则为什么不敢当庭对峙。关于财务凭证、票据等书面证据，辩护律师认为：侦查人员取走相关财务凭证、票据时并未依法出具详细的查扣清单，几个月后，让公司工作人员确认这些材料都是真实的、未经篡改的。该部分材料的真实性合法性已无法证实，不能排除被人为篡改的可能性。刑事诉讼法第一百四十条规定：“对查封、扣押的财物、文件，应当会同在场见证人和被查封、扣押财物、文件持有人查点清楚，当场开列清单一式二份，由侦查人员、见证人和持有人签名或者盖章，一份交给持有人，另一份附卷备查。”庭审中律师坚持认为这部分证据明显不符合刑事诉讼法的规定，不是合法证据，不能作为定案的依据。
针对李宁和张磊的讯问笔录，检方和辩护律师意见严重不一致，李宁和律师均不认可其合法性，坚持要核实同步录音、录像，但检方认为技术上有障碍，无法提供。
检方庭审中还出示了《司法会计鉴定书》，最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释第八十五条规定：送检材料、样本来源不明，或者因污染不具备鉴定条件的，不得作为定案的根据。庭审中辩护律师认为：该鉴定依据的大量票据、记账凭证来源不明，没有合法、完整的查扣清单，依法不能作为定案的根据。《司法会计鉴定书》多处出现低级错误，如：将30万元写成30亿元、将285万写成2850元、将255万写成2550元，说明鉴定人不具备基本的严谨态度，鉴定书中列明2009年7月领取的劳务费数额是36880元，发放的数额是82075.00元，领取数额明显小于发放数额。2009年8月领取的劳务费数额是36880元，发放的数额是73425.00元，领取数额明显小于发放数额。鉴定书竟然将这种情况鉴定为套取劳务费，让人无法理解，据李宁讲，发放的科研经费中的劳务费部分，实际也就能占实际发放的劳务费的三分之一左右，检方指控的期间发放的劳务费共900万左右，实际发放了2800万左右，公司用自己的资金垫付了本应由经费承担的劳务费。
检方认为，课题组将科研经费转入公司的行为是贪污行为。李宁称，涉案的公司是科研协作单位，是科研平台。是与中国农业大学签有协议的，是配合科研的合法单位。之所以成立公司，是因为之前出现过协作公司报假数据的情况，甚至出现过实验用猪都已经死亡了，协作公司还在给课题组报假数据的情形，为了保障科研数据的准确和科研活动能顺利开展，才不得已开办公司，中国农业大学也在公司参股，公司成立后从未分过红，自己还往里面垫钱，虽然科研成果产业化开发均由公司完成，但成果的知识产权都属于中国农业大学。李宁团队开办公司过程中充分保证了中国农业大学的各项权利：公司承担了产业化有关的大量工作，但是最终向农业部申请的生物安全证书全部并且仅由中国农业大学独家拥有，生物安全证书是动物乳腺生物反应器产业化的“执照”，通过生物安全证书的归属，中国农业大学代表国家将享有成果产生的最大利益，充分证明了开办公司最终目的是为了推动科研成果的产业化，并非为个人私利。
著名法学家高铭暄、陈光中、储槐植等多位法学家在论证后，一致认为，本案中李宁和张磊均不构成贪污罪。本案司法会计鉴定之检材来源不明，且存在鉴定人未签名等诸多缺陷，缺乏应有的规范性、科学性、严谨性，不应作为定案根据；涉案科研经费流入课题配套的产业化平台用于科技开发、动物养殖等用途，并未被李宁等人非法占为己有，其行为不符合贪污罪客观方面构成要件。
李宁坚持认为自己无罪
李宁在最后陈述中说，我的案件并不复杂，以下几点是客观事实：我从海外留学归国后，从未亲自管理过科研经费；我们自己没有贪污和私用过一分钱科研经费；我们的科研经费是在全面超额完成了国家科技重大专项的任务前提下的结余，是高效使用科研经费的结果；我们成果的知识产权属于中国农业大学；我们还将我们的集体劳动所得用于了国家科技重大专项中。我先后六次获得过国家科技大奖，为国家创造的直接和间接经济效益至少也超过数百亿元，为什么连最起码的公正对待也得不到呢？我渴望自由，但我更渴望国家科技创新事业的发展和国家司法的文明进步！我希望法庭能尽快的还我清白，使我能够在新时代为加快建设创新型国家和世界科技强国贡献自己全部的智慧和力量！
李宁辩护律师认为：李宁案的发生与当年科研经费管理制度不合理密切相关
他的辩护律师，北京市炜衡律师事务所的袁诚惠律师和邢嘉然律师亦为其作无罪辩护。
庭审中，律师认为，李宁案的发生与当年科研经费管理制度不合理密切相关，2014年之前的科研经费管理制度，要求每年年底未用完的经费以及结题后的结余经费都应上交，但由于新一年的课题经费经常出现较长时间的滞后，迫使很多科研人员用假发票等形式将经费留用，以解决来年经费断档期的经费使用问题，否则将导致课题无法继续进行。本案中，课题组在项目执行过程中获得了大量的实验动物，如果经费断档，将无法维持存活，并且，李宁对具体经费操作事宜并不知情，无任何犯罪故意，不符合贪污罪主观方面构成要件。
值得注意的是，2014年之后，中国就对科研经费的管理，做出了较大的调整，2014年3月12日，国务院发布了《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》(国发[2014]11号)，就规定：“年度剩余资金可以结转下一年度继续使用”，项目结题后，符合条件的也可留用。
辩护律师认为，依据法律“从旧兼从轻”原则，“按照现在的科研经费规定，李宁团队的做法连违规都谈不上”。
庭审结束后，法庭宣布休庭，择期宣判。
首个被停止资格的工程院院士
2014年10月10日，中央纪委监察部网站发布通报，承担“转基因生物新品种培育”重大专项有关课题的中国农业大学教授李宁等被依法批捕。
通报称，2014年5月，最高检决定将审计署审计发现的李宁涉嫌职务犯罪线索指定吉林省人民检察院查办。6月，吉林省检察机关以涉嫌贪污犯罪对李宁立案侦查并采取强制措施。“经初步查明，李宁利用职务便利，以虚假发票和事项套取科研经费转入本人控制公司方式，先后涉嫌贪污公款2000余万元”。
2014年12月9日，中国工程院停止李宁的院士资格。李宁也成为首个被停止资格的工程院院士。
15位院士联名呼吁：李宁即使有罪也宜尽早依法判决
2018年末2019年年初，沈国舫、任继周等15位中国工程院及中国科学院院士联名致信最高人民法院院长周强，希望尽早审结李宁院士案。
联名信中提及：“因为工作原因，我们对李宁有过一些接触，对他的为人和学识有一定了解。李宁是我国动物生物科技领域不可多得的领军科学家，在国际和国内都享有较高的声誉……李宁已被羁押超过四年，距一审开庭也已三年多，竟然至今没有判决结果，只是一次又一次延期羁押，而且相关部门也未批准取保候审。正如《光明网》评论员文章所说：从法律程序上看，在四年羁押期内审而不判的状况，已超出相关法律规定的最长审限”。
“李宁是党和国家多年培养的动物生物学方面的领军科学家，在动物生物反应器和动物生物育种等领域取得了国际领先的科技成果，但是由于李宁作为领军科学家的长期缺席，目前这些成果及前期投入都面临荒废的窘境，令人惋惜！”
“我们认为，如果司法机关有确凿证据证明李宁涉及犯罪，宜尽早依法判决；如果无充分证据证明李宁有罪，自然应该按照法律疑罪从无的规定判决无罪，让其回到工作岗位，参与科技创新，继续为国效力。”
