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养殖场内部生物安全措施是控制养殖场已经存在的包括PRRSV和其他病原的有效措施，包括清洁、消毒、人员来往、洗手池、鞋靴消毒设施、抗生素使用、注射器针头的管理、生产循环和其他的众多降低疫病发生风险的措施。
但是，这些常规生物安全措施对预防猪繁殖与呼吸综合征暴发收效甚微。原因是虽然所有感染猪致死或者恢复后，经过一段时期不再带毒而成为风险因素，但是病毒会在部分猪体内持续存在180天以上，当有新的易感猪只入舍后，即便是独舍养殖的猪也会像连续养殖猪舍一样使病毒持续存在。鉴于此，加强生猪的养殖管理和种源净化成为缩短和降低疫病暴发的有效措施，同时也是疫病净化的首要环节。
关键控制点
生物管理措施的正确运行可显著降低疫病的暴发，这与对病毒净化的重视有着密不可分的关系。养殖场生物安全措施应该依据危害分析关键控制点技术建立。关键控制点的确定应该以田间试验方法学、风险评估、同行评议的出版物以及重要的现地经验所得出的科学数据为基础在危害分析关键控制点的早期阶段应包括对养殖场所有员工的广泛咨询和征求意见，没有雇员的积极参与，许多关键控制点将会被忽视。只有当关键控制点确立以后，防控措施才会得以建立。只有通过现地应用证实有效的、基于证据支持的防控措施才是切实可行的措施。
风险评估方案
在启动猪繁殖与呼吸综合征区域化控制和净化计划的同时，还应首先开展其发生和传播的风险评估。美国猪病兽医协会在2006年建立的网络动物疫病风险评估方案，被认为是用于猪繁殖与呼吸综合征暴发相关风险因子基准化分析的理想方法，这也是当前仅有的可为养殖者和兽医提供标准生物安全风险评估的平台。风险评估可用于比对猪繁殖与呼吸综合征阴性猪场暴发疫病的风险因子，并重新排序，实现在相似条件下，维持猪场的持续阴性。同时，风险评估也为我们的科学决策和合理配置生物安全资源(资金)提供了基础。
入场管理措施
如果有效使用和维护养殖场的入场淋浴设备，可有效排除包括细菌和PRRSV等多种病毒的侵入。猪场卫生条件必须包括对进入猪场所有无生命物体的喷淋系统，污染物在喷淋后应保证干燥1h以上，方可使用。单纯使用紫外灯消毒不能替代其他的生物安全措施，人员和设施经消毒后仍然可能存在污染。同样，入场时仅依靠浸泡消毒皮靴作为主要的生物安全措施也是不可取的，浸泡后皮靴可能再次受到粪便和其他有机物等的污染。
调运管理
动物调运与多数疫病的传播高度相关，生猪调运是生物安全措施中的主要薄弱环节，调运车辆通过干燥或者加热处理可实现PRRSV的灭活，采用热辅助干燥和净化系统、生物干燥设施和烘箱的运输车辆可有效降低PRRSV通过调运传播。同时，需要定期检查运输车辆，对生猪调运的生物安全管理措施难以明确规定，约80%的检疫检査措施不能有效发挥作用，从猪场投入的角度来说，调运的生物安全管理需要重新评估其成本和效益。
美国区域净化计划实施中，猪场的做法是清洗、消毒之外还要对车辆进行烘烤，75℃下烘烤1min，对包括PRRSV在内的大多数病毒(不包括猪圆环病毒2型)都能灭活。饲料车的风险不大，只要司机不进猪场就可以了。
同时，要保证司机不进入场区，司机携带 PRRSV的风险很大。养猪场在生猪调运管理中需要执行严格的检查和高风险管理措施。调运过程中，一旦有外部或者零散的搬运工参与调运，排除相关的生物安全风险因素将更加困难。
空气过滤系统
猪繁殖与呼吸综合征净化的猪场最好远离养猪密集区，因为大量的研究证实感染PPRSV的猪群可以产生病毒污染的气溶胶，有助于病毒在周围环境中传播。空气过滤系统会增强猪场的保护水平，但不能提供彻底的防护。旁路过滤系统或未经过滤的空气会通过过滤器与混凝土之间的缝隙、大门的开合、排水和经停止运转的风扇形成的逆流通风进入养殖场。已有报道表明，在有过滤装置的养殖场，猪繁殖与呼吸综合征感染的频率降低61%。空气过滤系统前期投资大，过滤网也需要定期更换，但相比于猪繁殖与呼吸综合征暴发造成的损失，其效益明显，所以猪场空气过滤系统应用前景很大。猪场可根据周围猪场密集程度，选择不同等级的空气过滤器。
2012年3月份，派普斯通研究团队完成了一个项目，目标是确定PRRSV感染猪场、带有过滤系统的母猪场和猪繁殖与呼吸综合征阳性猪场环境空气中病毒的检出率，空气样品在排气风扇外采集。结果与预期一致，作为感染源的猪场病毒检出率最高，为75%；4个受影响的猪场检出率则分别为64%、41%、65%和0%，而依据以往对养殖场的流行病学调查，病毒阳性率仅为3%-11%。
人员管理
人员的活动是最难控制的风险因素，通过与其他人员或者物品的接触，会间接污染PRRSV，一旦进入养殖场内部，包括门房或者洗浴室门外，将成为生物安全防范的重要问题。因此，应在养殖场入口处放置标识，禁止外界人员直接进入养殖场。进出场内的员工要换衣服(包括鞋、帽、外套)，严格洗澡。对于访客一定要有隔离期，尽量减少外来无关人员。携带的工具如果进入过其他猪场也要严格消毒，最好制度化。定期进行员工的生物安全常识培训，由于净化猪繁殖与呼吸综合征猪场的员工付出比一般猪场多，薪酬激励措施要相应提高，主动关注并积极解决员工随时出现的后顾之忧。制定相关制度后，需要有具体的执行人和监督人。
隔离区及隔离检测
PRRSV净化中生物安全措施的一个重要环节就是建立猪场的隔离场所，隔离场所距离饲养区至少120m，且相对隔离。猪场引进的猪只应至少隔离饲养超过30天，且每天观察其临床表现，同时应与供猪养殖场的兽医详细询问猪只的健康状态。
引进猪只应在抵达隔离饲养区24~48h内和进入饲养区前5~7天进行采样，PRRSV RNA可在感染后24h从血清中检出，因此推荐使用PCR检测病原，使用荧光RT-PCR可进一步增加检测的敏感性，实现急性感染期的病毒检测。同时还应选择ELISA对血清进行抗体检测。
对于公猪精液，应在入场前选用PCR进行一天式快速检测，检测为阴性者方可入场。
参观人员均可通过间接途径污染病毒，携带病毒的风险非常高。对于参观人员，正常情况下应禁止入内，必须进场的兽医、维修和设施维护人员，应在入场和出场时进行车辆的清洁消毒。
供水系统
以地表的储水池或者浅井作为水源供水对生猪健康有着潜在的威胁，PRRSV适应于寒冷、潮湿的条件，可在水中持续存活10~14天。
虽然目前尚没有猪繁殖与呼吸综合征暴发与水源有关的报道，但在水源附近检测到PRRSV阳性猪，说明水源可作为病原传播的风险途径。养殖场内的供水纯化系统管理难度较大，而一旦不能发挥作用，或者设计和维护不合理，将会对猪只健康构成威胁。
排污管理
肥料是另一与病原传播相关的因素，PRRSV感染猪会通过粪便排出病毒长达数天。4℃和10~16℃下，PRRSV在污染的泥土中会分别存活14天和5天，在标准肥料存放点，病毒在固态物中存活时间不超过14天。
如果感染猪正处于排毒期，随着粪便在坑内的搅拌，PRRSV会形成气溶胶，研究表明，从肥料敷抹器扩散的病毒粒子至少可达30m以外。用于抽取粪便的泵也被认为是可传播病毒的污染物。
物理屏障
带有屋顶的可防止飞鸟的封闭式养殖场，其屏障可作为标准的生物排除措施。虽然鸟类、啮齿类动物和其他野生或者家养动物并不是PRRSV的自然感染宿主，但可作为多种猪病病原的机械携带者，包括PRRSV。特别是鸟类，可远距离传播病毒，在每年猪传染性胃肠炎流行的冬季，这一现象尤为明显，迁徙鸟类与生猪调运一样，是疫病侵入新地区最为危险的途径，此外，昆虫也是病毒传播的重要媒介，但尚没有有效的防虫措施，通常认为，昆虫与PRRSV远距离传播无直接的关联。
灭蝇防鸟
最新的研究显示在实验室条件下，家蝇和蚊子能够在猪只之间传播病毒，虽然家蝇可能获得PPRSV并向四处扩散，但在野外并不明显传给易感猪。一般认为苍蝇和蚊子对于传播猪繁殖与呼吸综合征的重要性不大，相关研究还在进行中。野鸭等鸟类携带并可能传播猪繁殖与呼吸综合征，可选择性地对原种场、产房、母猪群设置防鸟网，现在国外防鸟网又有一定改进，网眼变得更小，类似纱窗。
