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甲型猪流感病毒(IAV-S)是美国及世界各地对猪生产系统构成挑战的主要呼吸道病原体之一，爱荷华州大学副教授DVM，Phil Gauger博士如是说。Gauger告诉Pig Health Today，此病毒很容易在猪之间传播，猪的长途运输已导致猪生产系统中的IAV-S问题。
“使IAV-S持续成为这样一个问题的其中一个最大因素可能是它的遗传多样性。这种遗传多样性最终引起了能够控制病毒的有效疫苗的开发问题。”Gauger说。
独特的遗传性
Gauger说，IAV-S是一种分段病毒，因此它可以经历一个被称为重配的过程。据美国国立卫生研究院所说，病毒重组“是一个基因重组过程，仅限于分段RNA病毒，其中，宿主细胞同时感染多种病毒可导致基因片段混排，产生具有新型基因组组合的子代病毒。”基因组的微小变化也可增加这种多样性，Gauger补充说。
另一个值得注意的因素是人与猪流感病毒之间的相互影响，他说。通常，人流感病毒会波及到猪。它们偶尔会被检测到，但偶尔其中一种人流感病毒会在猪群中树立自己的地位。它适应猪的身体，成为一个新的遗传分支，这是另一个遗传多样性水平，Gauger解释说。
提出适当的问题
无论是诊断还是监测IAV-S，提出适当的问题都很重要。
Gauger说：“我们已准备好进行分子诊断试验，将可以实际检测出病毒的存在，但我们也可以进行血清学试验，检测抗体的存在。”“我们回到病毒本身遗传多样性的同一个主题。”
确定畜群是否暴露于IAV-S及其疫苗接种状态时，这些试验缩小了确定范围。生产商需要考虑正在做抗体检测的猪的年龄，然后考虑诊断实验室所具备的条件，以得出所需的结果。
已有良好的检测技术来检测不同的IAV-S株，但兽医有时会混淆与诊断病毒相关的遗传多样性和测序。
“我们从检测猪的样本开始，以了解是否存在流感，然后我们检测特定的亚型......这些亚型主要是H1或H3病毒。然后我们通常需要进行测序，因为此信息将用于判断一种特定的疫苗在农场内是否有用。”Gauger说。
地方性传染
Gauger说，幼猪仍然和母猪在一起时发生的地方性传染常常被忽视。小猪可能没有出现疾病的临床体征，但它们仍然可以感染IAV-S，并且可以将病毒带入保育舍。
“更有创新性的其中一种样本类型是乳房擦拭物。”Gauger说。“这是沿着母猪乳房皮肤使用纱布垫和擦拭物的地方。”
很明显，那是哺乳小猪和鼻分泌物会积聚的地方。乳房擦拭物可浸泡在培养基中，然后作为群体型样本经过IAV-S检测。
Gauger说：“（这项检测）很好地描述了在那个年龄已经流行的流感类型。”
在保育舍阶段，鼻擦拭物可代替鼻拭子，后者会需要更大的工作量。
“可以用纱布擦拭猪鼻子，然后就采集到鼻分泌物。”他说。“它们对检测流感也有好处。”
提高检测水平
有时兽医和生产商认为，如果他们已经鉴定出H1或H3的特定亚型，则不需要对病毒进行任何其他遗传表征，但Gauger说这还不够。
Gauger忠告，不花时间对病毒进行测序会错过机会。
他说：“可以很容易地从诊断实验室报告中获得病毒序列，把它放入一个带有之前的序列的程序中，得到畜群中流感暴露的历史图片。”此过程使生产商及其兽医可以监测病毒，以了解病毒是否随着时间推移缓慢变化，以及是否需要新的疫苗。
实时聚合酶链式反应试验可以鉴别猪是否呈IAV-S阳性或阴性，也可以提供“循环阈值（Ct）时间”。Ct定义为荧光信号越过阈值（即超过背景水平）所需的循环数。
Gauger说：“Ct基本上与样本中的病毒量呈负相关。”“我与不同的兽医一起工作，他们打电话到诊断实验室并且对他们得到的结果有疑问，此时我正在研究Ct值，以确定进行一些亚型分型或测序是否会取得成功。”
PCR试验具有高灵敏度，可检测出样本中的少量病毒。如果存在病毒但浓度低，Gauger建议，从受到可能更强烈的IAV-S影响的猪中采集额外样本。然后将这些值与病例的临床背景相关联。
关键信息
Gauger建议，兽医和生产商应与诊断实验室的人员交谈，以便更好地了解各自农场的IAV-S检测结果。
他说：“如果要进行测序，但不了解结果，那么将没有机会通过循证决策使畜群内部发生任何有效益的变化，特别是在使用何种疫苗方面。”
了解感染的起源及其持续存在的位置也很重要。
Gauger指出：“我们仍然担心可能携带新流感毒株的外来小母猪，因此在那里进行一些诊断性检测或监测是很重要的。”
从控制的角度来说，常规监测和测序至关重要。Gauger说：“如果要在这方面做出改变，这一点至关重要。”
