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广东省猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)流行病学分析

中国动物保健2019-09-23 17:37:18

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本研究对广东省45家养猪场的腹泻样本进行了回顾性PCR检测,评价了中国猪急性腹泻综合征冠状病毒的发生和分布情况。
  华南农业大学张祥斌团队做了广东地区猪急性腹泻综合征冠状病毒流行病学研究。
  
广东省猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)流行病学分析
  
  本研究对广东省45家养猪场的腹泻样本进行了回顾性PCR检测,评价了中国猪急性腹泻综合征冠状病毒的发生和分布情况。研究提供了11个SADS-CoV阳性农场的SADS-CoV的流行情况和共感染情况。鉴定了包括2个完整基因组、5个核衣壳蛋白(N)基因和5个穗蛋白(S)基因在内的SADS-CoV序列,探讨了SADS-CoV的系统发育关系。
  
  猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)是新近发现的一种冠状病毒,是一种单股正链有囊膜的RNA病毒,基因组大小约为27kb。2017年在中国首次报道,被认为是一种与hku2相关的蝙蝠源冠状病毒。2017年1月,在广东省的一个养猪场发现了SADS-CoV,随后迅速传播到其他三个养猪场,导致了猪场出现急性腹泻和仔猪迅速消瘦为特征猪急性腹泻综合征(SADS)的 临床表现。SADS-CoV的症状类似由其他猪肠道冠状病毒如PDCoV和PEDV,但SADS-CoV比这些病毒危害更大,因为它在很短的时间内造成了将近25000头仔猪死亡,并导致更严重的经济损失。因此,研究SADS-CoV的分子流行病学和传播模式及建立对这种新型冠状病毒的有效控制已成为当务之急。
  
  本研究对广东省45家养猪场的腹泻样本进行了回顾性PCR检测,以评价SADS-CoV的发生和分布情况。研究提供了11个阳性猪场的SADS-CoV的流行情况和共感染情况。鉴定了包括2个完整基因组、5个核衣壳蛋白(N)基因和5个穗蛋白(S)基因在内的SADS-CoV序列,探讨了SADS-CoV的系统发育关系。
 
广东省猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)流行病学分析
  
  详情如下:
  
  1 | SADS-CoV检测
  
  在来自45个养猪场的236份临床腹泻样本中,2016年8月至2017年5月期间从11个养猪场采集的53份样本检测出SADS-CoV阳性,这11个养猪场的位置如图1所示。
  
 广东省猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)流行病学分析
  
  图1 样品分布
  
  SM、GL、DL、DE、TP、WT、DCD、SC均在清远市,LS、ZW、YX均在韶关市。
  
  此外,还检测了SADS-CoV、PDCoV、PEDV和RV的个体感染或共感染病例。SADS-CoV与PEDV共感染发生率最高,为17.65%(30/170)(表1)。
  
 广东省猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)流行病学分析
  
  2 |序列识别与系统发育分析
  
  全基因组长度为27163bp, N基因长度为1128bp, S基因长度为3390bp。(图2,3,4)。
  
 广东省猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)流行病学分析

广东省猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)流行病学分析

广东省猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)流行病学分析
  
  讨论
  
  本研究结果显示,在2016年8月从有腹泻史的LS猪场以及另外两个猪场TP和ZW采集到的第一个SADS-CoV阳性样本表明,至少自2016年8月以来,中国猪群已经出现了SADS-CoV。这个时间点比我们之前报告的第一个发现时间早5个月。与此同时,回顾性调查显示SADS-CoV的临床症状包括严重的急性呕吐和腹泻,导致小于5天龄的仔猪死亡,死亡率约为50%。
  
  感染率记录表明PEDV(78.25%)为猪腹泻的主要原因,这与之前的研究一致,PEDV一直被认为是引起猪腹泻的主要病原体。除PEDV外,SADS-CoV感染率居第二位(43.53%),在猪中有明显的流行趋势。
  
  抽样的猪场中共感染的发生率很高。值得注意的是,我们的结果还表明,SADS-CoV和PEDV同时存在于所有的SADA-CoV共感染样本中。
  
  本研究还确定了SADS-CoV序列的系统发育关系。结果表明,所有的SADS-CoV序列都聚集在一起形成一个独立的分支,并与其他Alphacoronavirus属病毒序列分离。
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