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1. 降解饲料毒素和抗营养因子
微生物发酵可降低玉米籽粒中的霉菌毒素含量，而且配合饲料固态发酵可显著降低其中玉米烯酮的含量。此外，微生物发酵是降解饲料原料中抗营养因子，提高其营养价值的有效方法。尽管发酵过程降解毒素和抗营养因子的机制尚未阐明，但可能与发酵产生的某些微生物代谢产物具有降解毒素或抗营养因子功能有关。
2. 促进营养物质的消化吸收
饲粮添加发酵银杏叶可显著改善肉鸡的营养物质利用率，这是因为发酵饲料中含有丰富的益生菌、消化酶和有机酸等，有利于改善动物肠道菌群结构和对营养物质的消化吸收；同时，其能够降低胃肠道pH，抑制有害菌的生长繁殖。
3. 提高动物的免疫能力，预防动物疾病
饲粮中添加酿酒酵母发酵物可激活肉鸡先天免疫应答，提高对新城疫病毒疫苗的响应。饲喂经乳酸菌、枯草芽孢杆菌、酵母菌等发酵的饲料，可有效增加肉牛血清中总蛋白、白蛋白、免疫球蛋白A、免疫球蛋白G和免疫球蛋白M含量等。
4. 减少畜禽养殖污染
有研究发现，在饲粮添加发酵海藻可显著减少肉鸡粪便氨态氮的排放，改善饲养环境；母猪饲料经乳酸菌和芽孢杆菌厌氧发酵后饲喂可改变铜、锌等重金属的化学形态，减少猪粪臭味；饲喂发酵豆粕能降低鸡舍内氨气和硫化氢的浓度。
