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消毒包括带猪消毒和环境消毒及生产用具、用品的消毒。加强猪舍内外环境的消毒工作，由专人负责，认真落实到每一个生产环节。
(1)带猪消毒一般每周2~3次，在下午上班后开始，这时气温较高，猪舍内容易干燥，同时在消毒后2~3分钟加强通风，可降低猪舍湿度和驱散消毒液的气味。消毒时采用喷雾的方式，必须全面到位，如栏位、地面、饲槽、净道、脏道、墙壁、顶棚、其他设施等要消毒彻底，绝不能留有死角。同时消毒液的浓度必须有效，喷洒均匀。
(2)环境消毒一般每周1~2次，选择一个比较晴朗没有风的天气进行，方法同带猪消毒。
(3)消毒药的选择。有火碱、碘制剂、醛制剂、氯制剂等。产仔舍和保育舍尽量选用对皮肤刺激小的药物。为了避免产生抗药性应轮用药物，1周1次。
(4)工作服消毒。一般采用熏蒸方法，每周2次。用21克高锰酸钾、42毫升甲醛在温度21℃以上，湿度70%以上密闭熏蒸24小时。
(5)生产用具消毒。针头、注射器及其他器械用完后立即蒸煮消毒，断尾钳、剪牙钳随用随消毒，粪铲、扫把、粪车用完后冲洗消毒。
(6)猪舍清空后消毒。采用清(清理粪便杂物)-消(3%火碱消毒)-冲(冲洗)-干(干燥)-消(消毒)-熏(熏蒸)-烧(火焰消毒)-空(空置5~7天)的模式。
