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疫苗的应激反应是指在疫苗接种过程中，机体在产生免疫应答的同时，机体本身也受到一定程度的损伤。
从免疫实践、基层反映和实际免疫效果来看，通常情况下，畜禽注射疫苗后，常常会发生体温偏高、饮食量下降、产奶产蛋下降、死淘率增加等应激反应，一般会在3~15天后恢复正常，个别的会拖延更长一段时间，给养殖业生产带来经济影响。
如猪注射O型口蹄疫灭活疫苗、圆环病毒苗后，猪的免疫应激反应普遍且比较强烈，当天下午注射后，第二天猪只基本不食，皮肤发红，严重的导致猪死亡，直到3-4天才慢慢康复；仔猪注射猪瘟疫苗后快的在注射后几秒钟，慢的在5分钟内表现出呕吐、呼吸困难、四肢抽搐、脚弓反张；鸡接种传喉、法氏囊、新城疫等活苗后2-4天常出现甩头、流泪、打喷嚏、呼噜、咳嗽、精神不振，采食减少，拉绿色粪便等症状，5-6天反应较重，以后逐渐减轻。
接种灭活油佐苗时如流感苗常出现肿头肿脸现象，注射部位出现游离的肿块，发生肉芽肿性肌炎，导致疫苗吸收不良，不能产生良好的免疫应答，禽只也会体重下降，产量下降甚至严重的出现死亡；免疫只有在动物机体健康的情况下才能产生良好的抗体水平，若动物机体处于亚健康状况时，尤其存在呼吸道疾病和免疫抑制病时，免疫后不但不能产生良好的免疫应答，还会出现严重的应激反应；当母源抗体水平较低或不整齐时，鸡群的免疫反应就会表现得较为严重，反应维持的时间长；此外免疫途径、疫苗毒力和免疫剂量、疫苗来源、舍内外卫生条件和空舍时间的长短等都会产生严重的应激反应。
在实际生产过程中，由于许多养殖户或兽医工作人员对此缺乏足够的了解，从而造成了许多不必要的经济损失。
处理措施
（1）为有效降低或避免免疫造成的应激，首先需要强化养殖人员的免疫意识，规范操作流程。妥善运输、保管疫苗，疫苗器械保养好、消毒灭菌，免疫前做好充分准备，严格正确地按免疫程序和疫苗使用说明执行，疫苗现配现用，无菌免疫，正确注射，饮水免疫时最好控制在2小时内饮用完毕。
（2）营养与肠道健康，对维持畜禽正常的免疫系统功能、发挥畜禽正常的繁殖性能、生长性能以及缓解各种应激原对畜禽的危害，保持畜禽的健康方面等起着决定性的因素。因为内在应激始于肠胃，旨在让肠道处于健康状态，对缓解应激反应，提升疫苗效果有很大作用。不管实验室还是田间，我们发现在注射疫苗前后几天用益生菌，连用5-7天，有显著性的促进疫苗效果。
