分析：美国新蓝耳病到底是不是新毒株？

前天晚上快12点的时候，看到公众号贴出了SHIC一则视屏会议在谈论PRRSV 1-4-4毒株在美国暴发的事情，突然想起来在前两天跟Boss Yang写PRRSV疫苗综述文章的时候见过这个毒株名字，Ohio State U的团队做过不同佐剂以及免疫路径（滴鼻和肌肉注射）对MLV免疫保护1-4-4毒株的文章，当时还把它列到了归纳表里，是能激活特异性细胞免疫的，也有些异源的中和抗体，不过还是只是部分保护，不够理想（对于PRRSV这个貌似已经不错了)，当时就手欠留了一句言。由于很晚了，没有时间具体去梳理，结果很快作者就回复了“确定是一个毒株吗”顿时觉得答的有些随意了，还被熟人在下面浇油点火。。。。。就决定去梳理梳理到底怎么回事。第二天微信陆陆续续将近有10个人来问这个毒株是什么样的，国内有检测到吗？

面对很多的问题，觉得得去查一些信息，也通过一些途径找打听到前线的一些信息，目前整理如下：

背景：

2021年2月4日美国猪健康信息中心（SHIC）与合作伙伴针对去年10月份以来美国中西部地区新暴发的RFLP型为1-4-4的毒株召开了一次视频会议，并在2月15日发布在SHIC Talk的播客上。来自明尼苏达St Peter 猪兽医中心的Paul Yeske博士和爱荷华州立的Daniel Linhares博士分别对临床中观察到的1-4-4毒株感染猪群情况作了报道，美国猪兽医协会（AASV）的网页上也有相关信息见文末Ref。会上提出的重要观点包括（个人关注可能有偏差，请去追溯原文）：

大量暴发的时间集中于2020年10月份以后

毒株根据ORF5的RFLP 酶切分型为1-4-4 （MluI, HincII and SacII），参照其他MN184的1-8-4和当前美国流行的1-7-4型

而根据ORF5测序进化分析属于lineage 1谱系，MN184和NADC30以及国内的NADC30-like， NADC34-like均属于lineage1毒株

它能导致更高的分娩死亡率，流产，木乃伊胎和育肥猪的生长较慢

能够引起母猪感染的死亡率

Yeske在一篇报道中提到“The most Dramatic Strain I’V seen”这是这辈子见过最不同寻常的毒株。。。如果从流产和母猪的感染死亡率来看，他认为这是他见过的最引人注目的毒株之一，暴发猪场可能出现4-5周的流产，母猪的死亡率可以到10-20%，而仔猪的死亡率最高可以达到80%。他认为有些不可思议。不过咱们2006HP-PRRSV的时候也是这样的。

据说当发现这个毒株传入猪群之后基本等不到测序结果回来就能从临床表现看出来，断食、流产和木乃伊胎、母猪和仔猪死亡率升高，包括断奶后的死亡率和育肥猪的生长缓慢。日增重减少1磅左右。

同时这个毒株在猪群中传播特别快，因此诊断时比较容易（扎心……看就看得出来的病是最猛的）

采访中提到了一些比较关注的问题：

传播有多快？这个变异株似乎可以产生很高的病毒血症，导致其传播很快。极端天气的增多，加速了它的流行

如何做群体稳定？跟以前策略一致，不过目前还没有定论，没法预测，但是能看到的是母猪群，流产之后是会趋于稳定的

目前最重要的事还是做好生物安全

除了分享人员，美国很多猪业相关网站也贴出了很多关于1-4-4的帖子，大部分都是以醒目的标题比如”PRRS新毒株母子通杀”（灵魂字幕组）。

这些都是从英文网站上获得的关于1-4-4的信息。

还有些间接打听的消息：

目前明尼苏达大学已经拿到70%的基因组信息（觉得不可信，怎么可能那么慢）；

表现严重的细菌继发感染，饮水给药治疗效果不明显；

感染猪组织病理学变化，表现为典型的肺部病变，胸腺和淋巴结坏死，严重病毒性心肌炎（确保是CSF和ASF阴性的情况下）；

致病性远远超过1-7-4

Homework

当时被插冷鸡之后，想到的第一个问题就是2016年的那个1-4-4（就是毒株名字）是引起2020年10月-12月疫情的同一个毒株吗？或者是不是由它演化而来的，为了回答这个问题，我和自己研究生做的homework。

首先，先明确一下RFLP（restriction fragment length polymorphism）限制性没切图谱分析，对于PRRSV是将ORF5扩增之后，用MluI, HincII 三个SacII酶分别来没切，看能切成多少段，其实就是看这个序列里面有几个这三个没切位点，我们熟悉的有1-8-4，1-7-4，其实还有1-4-2和1-5-3之类的，只是现在不多见，

lineage，Shi Mang早年对所有查得到的PRRSV毒株做了遗传演化分析，把美洲型毒株分为9个lineage，VR-2332和它来源的疫苗属于lineage 5，咱们国内的CH-1a后来的HP-PRRSV以及美国很有名的P129（做了很多研究）都是lineage 8毒株；MN184，NADC30， NADC34毒株以及来到中国对应的NADC30-like，NADC34-like株都是lineage 1 毒株，这个目前是美国以及我国的优势毒株，还有QYYZ和GM毒株都是lineage 3毒株；

曾经早在1993年就有1-4-4酶切型的毒株（是否是最早没确定），我让我学生小梅同学把文献里面的41572-2毒株在GenBank里面blast，把同源性最近的毒株挑出来，发现最近的只有2019年和2020年的毒株，而把这几个毒株的ORF5下载下来，挑了标志性的几个代表毒株（路标毒株）做了演化分析，发现查到的与早期1-4-4毒株41572-2有96%左右同源性的毒株都归为一簇，跟美国P129以及咱们国内HP-PRRSV比较近，在谱系8，见进化树。。。说明一件很重要的事，RFLP三个酶切图谱和lineage分谱系并不完全一致，也就是说同是1-4-4，有可能是不同的两个谱系的，更何况，谱系和RFLP都只针对ORF5，对于全基因组来说，这个基因不可能决定病毒的一切，就像这个分型只能说明这是哪里人，但不一定能确保他一定是少数民族（云南的）他一定能喝酒（山东的哈哈）。后来换了不同方式去找1-4-4新变异毒株都没有发现新的。

回到手欠留言的那句话，Ohio State U做实验的那个毒是不是就是这个lineage1c 的1-4-4？查了半天还是没能找到信息，发表文章居然不给攻毒毒株序列是不是有点不讲武德呵呵。

总结：

这个变异株致病性很强，病毒血症高，传播厉害，母猪和仔猪死亡率高

应该会有很大的基因组变异猜测，后续会有信息

应该没有HP-PRRSV的致病性强（只是猜测，没数据）

国内有没有，临床没听说，由于没有确切参考序列，还不知道