毛色是猪重要的品种特征之一，是一种易观察的表型遗传标记，过去一般用于评判品种的纯度、遗传稳定性、亲缘关系及在配套系培育中确定亲本的杂交组合类型等。
但近年来，国内外育种多为开放式育种，导入某些优良基因，做配套系选育，以最大限度的集中优良的经济性状，但对毛色性状，则未必会做严格的规定。所以，最近几年我国引进的部分种猪在纯繁生产中，会有少量毛色分离现象；其杂交后代，尤其与毛色不同的品种或品系杂交，后代也会出现毛色分离现象。这就意味着，现在，通过毛色，我们无法准确确定猪的品种纯度。
一、猪的毛色类型及形成机制
1、猪的毛色类型
2、毛色的形成机制
猪的毛色是由于黑色素的种类和分布不同而造成的。在哺乳类动物中，黑色素有两种前体物质，一种是以黑色和褐色两种形式存在的“真黑色素”，一种是以黄色和红色两种形式存在的“伪黑色素”。伪黑色素的形成可能是因为黑色素形成过程的提前终止而引起。色素颗粒的浓度与分布对皮肤和毛色的着色情况也有很大的作用。
如果黑色素前体物质可以在生皮节及上皮细胞之间的通道正常迁移，就会产生黑色素细胞，形成有色猪种。
如果黑色素前体物质不能正常迁移，黑色素细胞不能成活，最终导致毛根中缺乏黑色素细胞及前体物质，毛色表现为白色。其控制基因为KIT基因或I基因，为显性基因。
当前影响毛色的基因共分三类：一为影响黑色素细胞的基因，主要影响黑色素细胞的迁移、发育、表达、结构和功能等；二为影响黑色素合成关键酶的基因；三为控制黑色素类型的基因，如B基因。
二、猪毛色基因的研究进展
迄今已揭示的猪毛色等位基因有A、E、B、C、D、I、Be、He、S。其中B位点有两个等位基因，决定产生真、伪黑色素。S位点则在色素沉着时，决定颜色是连续还是不规则白斑，显性时，被毛表现单纯花色，隐性时则出现花斑。其他位点如下（施启顺，2000）：
现在人们比较关注的是白色基因座即I基因。在白色品种中，I基因通常是纯合，如大白、长白猪。在有色品种中，I基因通常是纯合（ii），如杜洛克、皮特兰、巴克夏等。但在I基因座除了I和i等位基因外，还发现了Id（灰杂色基因）、im（暗白基因）等基因。其显性系列为I（色素抑制基因）>Id（灰杂色基因）> Ip （黑斑基因）>i>im（暗白基因）。
在日常配种中，大白、长白母猪与黑色猪杂交产生黑斑，可能是存在Ip（黑斑基因）被导入种猪血统中。杜洛克与长大母猪产生红色后代，也有可能是长大母猪存在Ip基因。
关于有色基因中，研究比较多的是E（毛色扩展）基因。其同样有四个等位基因，Ed（显性黑毛）、E（黑色或杂乱黑斑）、Ep（黑斑点或六白）、e（红色），显性效应为：Ed>E> Ep > e。研究证明，巴克夏、皮特兰基因型都是Ep Ep。
三、毛色遗传的一般规律
尽管毛色遗传十分复杂，但其依然是质量性状，受少数等位基因控制。目前已搞清楚的遗传规律为（钟志平，2010；张建，2013）：
1. 全白色对非白色，显性遗传或不完全显性。
2. 白环带对六端白，显性或不完全显性，巴克夏六白对我国黑猪为隐性。
3. 黑色对棕红色，我国黑猪对棕红色呈显性遗传。
4. 黑色对污白色，显性遗传。
5. 野猪色对黑毛色和棕红色都是显性遗传。
虽然毛色的形成比较复杂，且不能准确用于判定猪种纯度，但是毛色依然可以作为理论依据对后代花色进行基本评判。而且作为一种经济性状，也为后续育种指出了方向。同时，近些年还有一些研究发现，家畜的毛色与生长速度、瘦肉率、抗病力等重要的经济性状相关连（张建，2013），有可能在未来，我们还可以通过毛色遗传的机理来选择其他经济性状。
