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对于新生仔猪，通过口服或注射途径使用抗生素。通过细菌培养来确诊大肠杆菌感染和进行药敏试验都很重要，因为大肠杆菌分离株间的抗生素敏感性差异很大。近年来,体外的大肠杆菌对许多抗菌剂的抵抗力已大大增强。通常使用的抗生索包括氨苄青霉素、阿泊拉霉素、新霉素、奇霉素和增强磺胺类药剂。另外，在实验室中还成功应用噬菌体作为治疗肠道大肠杆菌感染的另一方法,但实际中此法还未被广泛应用。
口服含有葡萄糖的电解质代溶液的补液疗法对脱水和酸中毒很有效。具有抑制肠毒素分泌作用的药物，如氯丙嗪和硫酸黄连素可能对治疗腹泻有用，尽管这些药多有副作用。对如苄替米特和洛哌丁胺等抑制分泌药物，建议单独使用或与抗菌剂合用。
肠道大肠杆菌感染的预防在于通过良好的卫生管理，保持适宜的环境条件，出生时提供足够量的初乳和高水平的免疫力，以减少环境中大肠杆菌的数量。
肠道大肠杆菌感染和败血症最重要预防措施之一是保持仔猪足够的环境温度,无穿堂风及热传导差的地板,特别是对低于平均体重的仔猪,因为它们单位体重皮肤表面积大,进而失热快。
严格的生物安全措施应被用于预防将不同毒力大肠杆菌或其他感染性病原体引进猪群。猪群个体对它们没按触过的大肠杆菌菌毛抗原几乎没有免疫力。
产房内的良好环境有利于减少仔猪与大肠杆菌的接触，在一定程度上，可通过仔猪自身防御体系得以控制。产房要彻底清洁，避免猪群中窝间感染。对每批妊娠母猪实行全进全出制,产房严格消毒可减少环境中大肠杆菌的繁殖。
产房的设计是很重要的，因为它关系到母猪粪便的排泄问题。在过长的猪圈，大部分地板都排满了粪便，因面增加了严重污染的面积。理想的话，应调整猪圈，为仔猪提供一个比母猪稍短的猪圈。采用升高、漏缝地板的猪圈可以让粪便掉下,远离仔猪;采用这种地板的妊娠母猪群腹泻发生率明显比采用水泥地板的猪群低。
干燥温暖的环境可以降低有效湿度而提高大肠杆菌的存活率。它受通风率影响很大，如果温度过高，母猪会躺在水中散热，这样会不利于卫生。母猪应在22℃左右的温度条件下，为仔猪提供一个较暖和的爬行区是很必要的。确保较小仔猪的生活环境保持30-34℃恒温,这一点很重要。
母源性免疫是控制新生仔猪ETEC腹泻最有效的手段之一。最早的疫苗是将感染猪肠内容物在奶中培养后再饲喂给妊娠母猪，一般在产仔前一个月左右进行。这种方法较为有效，其免疫力可持续整个哺乳期，现仍在应用，尤其是美国。
在市场上常用的疫苗是通过非肠道途径进行免疫的，多为灭活全细胞菌苗或纯化的菌毛苗,两种疫苗的效果相似。菌苗多含有较重要血清型的菌株，并能产生菌毛抗原F4 (K88)、 F5 (K99)、 F6 (987P)和F4I。这种疫苗多在分娩前6周和2周前进行非肠道给予。如果免疫无效，鉴定可能的血清型并尽可能制成自家苗是非常重要的。对分离株的进一步鉴定可能鉴定出在ETEC腹泻中致病机理起重要作用的新的或变异的菌毛黏附素。
