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许多猪场发生腹泻之后，往往难以区分是病毒性腹泻，还是细菌性腹泻，然而无法正确落实用药的治疗方案，造成损失惨重。特别是仔猪病毒性腹泻是无法用一般的药物来治疗的，病毒性相对细菌性腹泻，来得快，而且传播也广。因此发生腹泻之后我们的第一判断极为重要。细菌性腹泻又称细菌性拉稀，如何区别是病毒性腹泻还是细菌性拉稀。
(1)从发病流行季节上找差异：病毒性腹泻多发生在冬春季节，而细菌性拉稀一年四季均可发生。
(2)临床表现上找差异：从名词上可看出腹泻要比拉稀来势凶猛，故从形态上、颜色上、气味上、排便频。腹泻多呈水样，也称水泻；而拉稀则是指粪便淡薄，多呈稀糊状。
病毒性腹泻如猪传染性胃肠炎：幼仔猪常忽然发病，呈水样急剧腹泻、恶臭、呕吐，很快脱水，体重及体温下降，死亡率高达80%以上，断奶仔猪呈水样腹泻及呕吐，粪便呈灰色或茶褐色。猪流行性腹泻：病猪体温升高至41℃，但开始腹泻后体温恢复正常。10日龄内仔猪发病严重，拉黄色或浅绿色稀粪。
猪轮状病毒病：病猪呕吐腹泻，粪呈水样至糊状，呈黄、灰或玄色。
细菌性腹泻拉稀中，无论是拉血便的猪痢疾【7-12周龄的仔猪和幼猪易感】和仔猪红痢【主要侵害1-3日龄仔猪、7天后仔猪很少发生】，还是大肠杆菌引的仔猪黄痢【10-20日龄仔猪】和白痢【1-3日龄仔猪】，以及拉黄色稀糊状有恶臭味的仔猪副伤寒【多发生于6月龄一下仔猪、2～4月龄仔猪多，寒冷或者季节交替时高发】，大多可从拉稀粪便的颜色、气味上相区别。
