育肥阶段是猪（商品猪）生长的又一关键阶段。在这一时期，由于猪以最快速度生长，各种疫病也接踵而至。无论是常见多发的传染病、寄生虫病，还是代谢病、中毒病，都是各种规模养猪场必须重视的问题，各种防治措施必须落到实处。
仔猪阶段的常见多发病中，除了大肠杆菌引起的黄白痢、水肿病，以及副伤寒、仔猪贫血、佝偻病外，其余大多数传染病、寄生虫病在育肥阶段均可感染，且发病率远远超出仔猪阶段，对养猪业构成极大威胁。
除仔猪阶段的常见多发病外，几乎所有的猪传染病、寄生虫病、代谢病、中毒病均可在育肥阶段感染或发病。因此每个养猪场必须制定出适合本场实际情况的疾病防治制度和措施。
1.对传染病按程序搞好免疫接种。对新购进的断奶仔猪，应认真了解其防疫情况，并进行必要的疫苗（如二联苗、三联苗）补防；对一些季节性发病的传染病，应提前一个月对猪群进行免疫接种；对目前尚无有效疫苗的传染病，应提前15天进行药物预防。
2.定期进行药物驱虫。寄生虫病对育肥猪危害十分严重，除了肠道寄生虫外，猪囊虫病、弓形体病等均属人畜共患病，其中弓形体病还可造成季节性、地区性流行。大多数寄生虫病目前尚无有效疫苗，必须定期通过药物进行驱虫和预防。对养猪场的粪便应堆积发酵，利用生物热来杀灭虫卵。
3.通过加强饲养管理预防普通病。许多普通病如微量元素缺乏症、维生素缺乏症、中毒病等完全可以通过喂给优质全价配合饲料而加以预防。因此应加强饲料和饮水的营养和卫生。
4.对一部分传染病可通过添加药物来预防。目前，预防部分猪传染病尚无有效疫苗，如猪流行性感冒、嗜血杆菌病、病毒性腹泻、猪痢疾等，目前市场上有一些中草药复方散剂、粉剂，拌料饲喂可用于预防和治疗，有的中药散剂还有促生长作用。
5.遵守严格的卫生消毒制度。集约化猪场的圈舍由于条件设施好，便于打扫和消毒。农户的散养圈舍卫生条件差，必须勤打扫和勤垫新土，粪便堆积发酵，经常用消毒药喷洒圈舍，定期对圈舍顶棚、内外墙、通道等进行彻底消毒。
